在婚姻关系破裂，夫妻双方决定分道扬镳时，子女的抚养权问题往往成为双方争执的焦点。特别是在男方起诉离婚的情况下，如何确保子女的最佳利益得到维护，是法律需要解决的首要问题。
根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条的规定，离婚案件涉及未成年子女抚养的，对不满两周岁的子女，以母亲直接抚养为原则。这一规定体现了法律对幼小生命特殊保护的立场，强调了母亲在早期育儿中的重要作用。然而，这并不意味着父亲在此阶段完全无法获得抚养权，特殊情况下，法院也会考虑父亲的抚养能力及其他相关因素。
对于已满两周岁的未成年子女，当父母双方无法就抚养问题达成协议时，法院将根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。这意味着，无论父亲或母亲，谁能更好地保障孩子的成长环境和福祉，谁就有可能获得抚养权。
在判断“最有利于未成年子女”的标准时，法院会综合考虑多方面因素，包括但不限于父母的经济条件、教育背景、身体健康状况、抚养时间以及孩子本人的意愿等。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第四十六条提供了具体的评判标准，如一方有家庭暴力记录、严重不良嗜好等情形，可能会影响到抚养权的判决。
值得一提的是，不直接抚养孩子的一方仍然承担着抚养费的责任。这一点在《中华人民共和国民法典》中有明确规定，旨在确保孩子无论生活在何种家庭形式下，其基本生活和教育需求都能得到满足。
综上所述，男方在起诉离婚时，关于子女抚养权的判决将严格遵循“最有利于未成年子女”的原则。法院将基于全面、公正的评估，做出最符合孩子利益的裁决。在这一过程中，父母双方的合作态度、对孩子的关爱以及对法律的尊重，都是影响最终判决结果的重要因素。我们应当记住，在离婚的风波中，保障孩子的利益始终是法律和社会的首要任务。