在婚姻关系解体时，子女的抚养权问题是最为敏感且复杂的。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，离婚协议中关于子女抚养权的判决遵循以下原则：
首先，对于不满两周岁的子女，原则上由母亲直接抚养。这一规定源于生理和心理的特点，认为母亲在这一阶段对子女的照顾具有不可替代的重要性。然而，如果母亲存在严重疾病、未尽抚养义务等情况，法院也会考虑将抚养权判给父亲。
其次，面对已满两周岁的子女，法院将基于最有利于未成年子女成长的原则进行判决。具体来说，如果父母双方均要求抚养权，而一方具备如已做绝育手术、子女随其生活时间较长等特定条件，该方将可能被优先考虑。此外，当双方抚养条件相近时，长期与祖父母或外祖父母生活的子女，其意愿也将作为判决的重要参考。
再者，对于八周岁以上的未成年子女，其个人意愿将被法院高度重视。在父母双方无法达成协议的情况下，法官会与子女进行单独沟通，了解其真实意愿，并据此作出判决。
值得一提的是，无论子女由谁直接抚养，父母双方仍共同承担着抚养、教育和保护的权利与义务。法院在判决时，不仅考虑经济条件，更重视父母的实际抚养能力、教育方式及其对子女的长期影响。
综上所述，离婚协议中关于子女抚养权的判决是一个综合考量多方面因素的过程。法院在判决时，旨在确保未成年子女的最佳利益得到最大程度的保障。因此，父母在面对离婚协议时，应全面考虑子女的成长需要，力求通过协商或法律途径达成最合理的抚养安排。