在婚姻关系破裂时，子女的扶养权问题往往成为双方争议的焦点。如何保障未成年子女的权益，是法律需要解决的重要问题。根据《中华人民共和国民法典》以及相关司法解释，法院在判决离婚案件中涉及子女扶养权的问题时，主要遵循以下几个原则。
首先，对于不满两周岁的子女，一般会以母亲直接抚养为原则。这是因为在这个年龄段的子女，尤其是哺乳期的婴儿，更需要母亲的照顾和陪伴。然而，如果母亲存在不适合抚养的情形，如患有严重疾病、不尽抚养义务等，法院也会考虑将扶养权判给父亲。
其次，对于已满两周岁的子女，如果父母双方对抚养问题协议不成，法院会根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则进行判决。在这个过程中，法院会综合考虑双方的经济条件、生活环境、教育能力等因素，以确保子女的健康成长。
再者，对于八周岁以上的未成年子女，法院会尊重其真实意愿。这意味着，如果子女已经具备了一定的判断能力，他们的意愿将成为判决的重要依据。例如，在一案例中，九岁的王小某表示愿意同母亲共同生活，而其日常生活起居也主要由母亲照料。虽然父亲在经济上更有优势，但法院认为，对于子女的抚养不仅仅是经济上的给予，还有长期的陪伴以及教育。
最后，值得一提的是，如果父母抚养子女的条件基本相同，双方均要求直接抚养子女，但子女单独随祖父母或者外祖父母共同生活多年，且祖父母或者外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或者外孙子女的，也可以作为父或者母直接抚养子女的重要考虑因素。
总的来说，起诉离婚子女扶养权的判决，是一个复杂而又细致的过程。它需要法院在综合考虑各种因素的基础上，做出最有利于未成年子女的判决。在这个过程中，子女的意愿和利益应当得到最大程度的尊重和保障。